Il peperoncino piccante era usato come alimento fin da tempi antichissimi. Dalla testimonianza di reperti archeologici sappiamo che già nel 5.500 a.C. era conosciuto in Messico, presente in quelle zone come pianta coltivata, ed era la sola spezia usata dagli indiani del Cile e del Messico. In Europa il peperoncino è arrivato con Cristoforo Colombo che l'ha portato dalle Americhe col suo secondo viaggio, nel 1493. Dato che sbarcò in un'isola caraibica, molto probabilmente ha incontrato un Capsicum chinense, delle varietà Scotch Bonnet o Habanero, i più diffusi nelle isole.

Introdotto quindi in Europa dagli Spagnoli, ebbe un immediato successo, ma i guadagni che la Spagna si aspettava dal commercio di tale frutto (come quello di altre spezie orientali) furono deludenti, poiché il peperoncino si acclimatò benissimo nel vecchio continente, diffondendosi in tutte le regioni meridionali, in Africa ed in Asia, e venne così adottato come spezia anche da quella parte della popolazione che non poteva permettersi l'acquisto di cannella, noce moscata ecc.

Il frutto venne così chiamato a causa della somiglianza nel gusto (sebbene non nell'aspetto), con il pepe, Piper in latino. Il nome con il quale era chiamato nel nuovo mondo in lingua nahuatl era "chili", e tale è rimasto nella lingua inglese e in alcuni nomi di varietà, come il chiltepin, C. annuum var. aviculare, derivato dal nauhatl chilitecpintl o peperoncino pulce, per le dimensioni e la ferocità. Il chiltepin è ritenuto l'antenato di tutte le altre specie. Nei paesi del Sudamerica di lingua spagnola e portoghese, invece, viene comunemente chiamato ají, modernizzazione dell'antillano asci. La parola in lingua quechua per i peperoncini è uchu, come nel nome usato per il rocoto dagli Inca: rócot uchu, peperoncino spesso, polposo.